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조정대상지역 1세대 1주택 양도소득 장기보유특별공제 정리
장현민
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1. 양도소득 장기보유특별공제


양도소득 장기보유특별공제는 개인이 부동산(토지와 건물)을 장기간 보유한 경우 양도소득세 계산 시 양도차익의 일정 비율을 공제해 주는 제도입니다. 

소득세법 제95조(양도소득금액과 장기보유특별공제액)에 근거하고 있으며 조건에 따라 최대 80%의 양도차익을 공제받을 수 있습니다.


※ 소득세법에 따른 것으로 법인이 소유한 부동산은 해당 사항 없음.



2. 기본 조건 


등기된 토지, 건물을 3년 이상 보유할 경우 각 조건에 따라 적용.

※ 하단 장기보유특별공제 배제 규정에 해당하면 적용 불가.



3. 일반 부동산의 장기보유특별공제


일반 부동산의 경우 다음과 같이 장기보유특별공제가 적용됩니다.


① 3년 보유 시 양도차익의 6% 공제

② 이후 1년마다 양도차익의 2%씩 공제율 증가

③ 최대 15년 이상 보유 시 최대 양도차익의 30% 공제






3. 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제


1세대 1주택 장기보유특별공제는 고가 아파트, 주택도 최대 80%의 양도차익을 공제받을 수 있는 장기보유특별공제의 핵심 조항입니다.

먼저 ① 1세대 1주택이면서 ② 해당 주택의 실거래 가액이 12억 원 이하일 경우 소득세법 제89조에 따라 양도소득세가 전액 비과세 되기 때문에 장기보유특별공제가 적용될 필요가 없습니다.


1세대 1주택 양도소득세 비과세 자세히 알아보기


그렇지만 양도가액이 12억 원 이상인 경우 1세대 1주택이라고 하더라도 양도소득세를 납부해야 합니다.

이때 1세대 1주택에 장기보유특별공제가 적용되며, 보유기간과 거주기간에 따라 각 조건별로 양도차익의 최대 40%, 합산 최대 80%까지 공제가 가능합니다.




반드시 3년 이상의 보유기간 중 2년 이상 거주해야 1세대 1주택 장기보유특별공제를 받을 수 있습니다.


[소득세법 시행령 제159조의4]

"1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다"


즉, 2년의 실거주가 없다면 2005년에 취득했어도

'아쉽네, 보유기간 공제 40%만 받아야 겠다"가 아니라

아예 1세대 1주택 장기보유특별공제를 받지 못하고

일반 장기보유특별공제 30%만 받을 수 있는 것입니다.






4. 고가 아파트의 1세대 1주택 양도소득세 계산


부자일수록 똘똘한 한 채를 중요시하는 이유


앞서 언급한 바와 같이 1세대 1주택 장기보유특별공제는 장기보유특별공제의 핵심입니다. 왜냐하면 일반 장기보유특별공제는 15년이 지나도 양도차익의 30%가 최대 공제율인 반면, 1세대 1주택은 최대 양도차익의 80%까지 공제가 가능하기 때문입니다. 특히 장기보유특별공제는 금액이 아니라 비율(%)로 양도차익을 공제해 주기에, 누진세율이 적용되는 양도소득세의 특성상, 아파트 가액이 비쌀수록 그 효과가 극대화되는 특징이 있습니다.


조금은 극단적이지만, 그 효과를 체감하기 위하여 대표적인 고가 아파트인 압구정 현대아파트 1,2차의 매매 사례를 예로 들어 보겠습니다.





해당 아파트는 2024. 10. 현재 54.9억 원으로 거래되었으며, 10년 전 가격 약 15억 원과 비교하면 약 40억 원이 상승하였습니다. 이번에 매도하신 분이 2014. 9월에 15억 원에 매수하신 분이라고 가정해 보고, 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득을 계산해 보겠습니다.


조건


① 아파트 매도가 : 55억 원 (2024.10.24.)

② 아파트 매수가 : 15억 원 (2014.10.01.)

③ 실제 양도차익 : 55-15 = 40억 원

④ 1세대 1주택 및 해당 주택 거주(기타 보유 주택 없음)

⑤ 1인 단독 소유 가정(부부공동명의 아님)

⑥ 조정대상지역(2024년 현재 서울 서초구, 강남구, 송파구, 용산구)

⑦ 계산의 편의를 위하여 매수 당시 취득세 등 부수비용은 고려하지 않음.


조정대상지역 1세대 1주택 비과세 관련 상세 정보


양도소득 계산


① 법령상 양도차익(과세대상 양도차익) : 

※ 1차로 전체 양도차익 중 비과세에 해당하는 12억 원 이하 분을 계산하는 과정입니다.

= 40억 원(실제 양도차익) X (55-12)/55

= 40억 원 X 약 78% (즉, 총 양도차익 중 22% 비과세 처리)

= 3,127,272,727원 (872,727,273원 비과세 처리)

≒ 31.27억 원




② 장기보유특별공제 금액 계산

10년 이상 보유, 10년 이상 거주하였으므로, 최종 공제율 80%

= 과세대상 양도차익 X 80%

= 3,127,272,727원 X 80%

= 2,501,818,182원

≒ 25억 원




③ 세금 계산용 양도소득 과세표준

총 양도차익 – 비과세 차익 – 장기보유특별공제 – 양도소득 인별 공제

= 4,000,000,000 – 872,727,273 – 2,501,818,182 – 2,500,000

= 622,954,545

≒ 6.23억 원


즉, 40억 원의 양도차익 중 실제 세금이 부과되는 소득은 6.23억 원에 불과하며 1세대 1주택 장기 보유 및 거주를 통해 약 33.7억 원, 84%의 소득을 공제받을 수 있었던 것입니다.


④ 양도소득세 계산

양도소득세율은 과세표준에 따라 누진 적용됩니다. 6.25억 원의 경우 다음과 같이 계산됩니다

622,954,545 X 42% - 35,940,000 = 225,700,908원




⑤ 정리




⑥ 조정대상지역 1세대 2주택과 양도세 비교

만일 해당 주택 매도 당시 소유주가 부산 해운대에 주택을 한 채 더 보유하고 있었다면 어떻게 결과가 달라질까요? 

1세대 2주택이므로 ① 1세대 1주택 비과세를 받을 수 없고, 조정대상지역 1세대 2주택으로 분류되어 ② 장기보유특별공제 혜택을 받을 수 없는 것은 물론, ③ 기본세율에 20% 할증 세율을 더한 중과세율을 부담해야 합니다.


※ 단 2025년 5월 9일까지 보유기간이 2년 이상인 주택을 매도할 경우 

양도세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하지 않음(소득세법 시행령 제167조의10①항12의2호) → 따라서 소득세법 104조⑦항(중과세 대상 주택 규정)에 해당하지 않음. → 따라서 소득세법 제95조②항에서 장기보유특별공제 적용이 제외되는 자산에 해당하지 않음. 그러므로 장기보유특별공제를 적용받을 수 있음 → 단 1세대 1주택 장기보유특별공제가 아니라 일반 부동산 장기보유특별공제가 적용됨. 


2024년 10월 매도를 가정했으므로 특례에 따라 양도세 기본세율 적용 및 일반 장기보유특별공제 적용




이로 인해 2.26억 원이었던 양도소득세는 13.7억 원으로 폭증하게 됩니다. 이는 해운대의 국민평형 아파트의 매매가를 초과하는 금액입니다. 

2025년까지 특례가 적용되어 그나마 세금 부담이 좀 덜한 예시로, 만일 양도소득세 중과 규정이 그대로 적용되었다면 양도차익의 절반 이상을 세금으로 납부해야 합니다.

이러한 상황이니, 고가 아파트를 부담할 능력이 되는 분들은 1세대 1주택 혜택을 받을 수 있는 똘똘한 한 채에 집중할 수밖에 없는 것이지요.



5. 양도소득세 장기보유특별공제 배제 규정


① 국외자산(소득세법 제118조의8)

② 미등기양도자산(소득세법 제95조②항 → 소득세법 104조③항)

③ 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

④ 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 1주택과 조합원입주권 또는 분양권을 1개 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외.

⑤ 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

⑥ 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권 또는 분양권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외.

(③~⑥ 근거 : 소득세법 제95조②항 → 소득세법 104조⑦항(중과세 대상 주택 규정))


※ 소득세법 제95조 제2항 발췌 : 제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다.


소득세법은 한국의 법 중 조항의 제정과 폐지가 잦은 법령임을 고려할 때 관련 규정의 세부 내용에 변화가 있을 수 있으므로 반드시 현행 법령을 확인 후 의사결정을 해야 합니다.



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